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scRNAseq Analysis in R with Seurat

20 Session info 


library(pander)
demo.Rmd_session <- sessionInfo()
pander(demo.Rmd_session)

R version 4.5.2 (2025-10-31)

Platform: x86_64-pc-linux-gnu

locale: LC_CTYPE=en_AU.UTF-8, LC_NUMERIC=C, LC_TIME=en_AU.UTF-8, LC_COLLATE=en_AU.UTF-8, LC_MONETARY=en_AU.UTF-8, LC_MESSAGES=en_AU.UTF-8, LC_PAPER=en_AU.UTF-8, LC_NAME=C, LC_ADDRESS=C, LC_TELEPHONE=C, LC_MEASUREMENT=en_AU.UTF-8 and LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages: stats4, stats, graphics, grDevices, datasets, utils, methods and base

other attached packages: pander(v.0.6.6), plotly(v.4.11.0), edgeR(v.4.8.1), limma(v.3.66.0), clustree(v.0.5.1), ggraph(v.2.2.2), future(v.1.68.0), celldex(v.1.20.0), SingleR(v.2.12.0), SingleCellExperiment(v.1.32.0), SummarizedExperiment(v.1.40.0), Biobase(v.2.70.0), GenomicRanges(v.1.62.1), Seqinfo(v.1.0.0), IRanges(v.2.44.0), S4Vectors(v.0.48.0), BiocGenerics(v.0.56.0), generics(v.0.1.4), MatrixGenerics(v.1.22.0), matrixStats(v.1.5.0), lubridate(v.1.9.4), forcats(v.1.0.1), stringr(v.1.6.0), purrr(v.1.2.0), readr(v.2.1.6), tidyr(v.1.3.1), tibble(v.3.3.0), tidyverse(v.2.0.0), harmony(v.1.2.4), Rcpp(v.1.1.0), qs2(v.0.2.1), patchwork(v.1.3.2), Seurat(v.5.4.0), SeuratObject(v.5.3.0), sp(v.2.2-0), ggplot2(v.4.0.1) and dplyr(v.1.1.4)

loaded via a namespace (and not attached): fs(v.2.0.1), spatstat.sparse(v.3.1-0), httr(v.1.4.7), RColorBrewer(v.1.1-3), backports(v.1.5.0), tools(v.4.5.2), sctransform(v.0.4.2), alabaster.base(v.1.10.0), utf8(v.1.2.6), R6(v.2.6.1), HDF5Array(v.1.38.0), lazyeval(v.0.2.2), uwot(v.0.2.4), rhdf5filters(v.1.22.0), withr(v.3.0.2), gridExtra(v.2.3), downlit(v.0.4.5), progressr(v.0.18.0), cli(v.3.6.5), spatstat.explore(v.3.6-0), fastDummies(v.1.7.5), alabaster.se(v.1.10.0), labeling(v.0.4.3), sass(v.0.4.10), S7(v.0.2.1), spatstat.data(v.3.1-9), ggridges(v.0.5.7), pbapply(v.1.7-4), parallelly(v.1.46.0), rstudioapi(v.0.17.1), RSQLite(v.2.4.6), crosstalk(v.1.2.2), ica(v.1.0-3), spatstat.random(v.3.4-3), Matrix(v.1.7-4), abind(v.1.4-8), lifecycle(v.1.0.5), yaml(v.2.3.12), rhdf5(v.2.54.1), SparseArray(v.1.10.7), BiocFileCache(v.3.0.0), Rtsne(v.0.17), grid(v.4.5.2), blob(v.1.2.4), promises(v.1.5.0), ExperimentHub(v.3.0.0), crayon(v.1.5.3), miniUI(v.0.1.2), lattice(v.0.22-7), beachmat(v.2.26.0), cowplot(v.1.2.0), KEGGREST(v.1.50.0), pillar(v.1.11.1), knitr(v.1.50), future.apply(v.1.20.1), codetools(v.0.2-20), glue(v.1.8.0), spatstat.univar(v.3.1-5), data.table(v.1.17.8), vctrs(v.0.6.5), png(v.0.1-8), gypsum(v.1.6.0), spam(v.2.11-1), gtable(v.0.3.6), cachem(v.1.1.0), xfun(v.0.54), S4Arrays(v.1.10.1), mime(v.0.13), tidygraph(v.1.3.1), survival(v.3.8-3), statmod(v.1.5.1), fitdistrplus(v.1.2-4), ROCR(v.1.0-11), nlme(v.3.1-168), bit64(v.4.6.0-1), alabaster.ranges(v.1.10.0), filelock(v.1.0.3), RcppAnnoy(v.0.0.22), bslib(v.0.9.0), irlba(v.2.3.5.1), KernSmooth(v.2.23-26), otel(v.0.2.0), DBI(v.1.2.3), tidyselect(v.1.2.1), bit(v.4.6.0), compiler(v.4.5.2), curl(v.7.0.0), httr2(v.1.2.2), BiocNeighbors(v.2.4.0), h5mread(v.1.2.1), hdf5r(v.1.3.12), xml2(v.1.5.2), DelayedArray(v.0.36.0), stringfish(v.0.19.0), bookdown(v.0.46), checkmate(v.2.3.4), scales(v.1.4.0), lmtest(v.0.9-40), rappdirs(v.0.3.3), digest(v.0.6.39), goftest(v.1.2-3), presto(v.1.0.0), spatstat.utils(v.3.2-0), alabaster.matrix(v.1.10.0), rmarkdown(v.2.30), XVector(v.0.50.0), RhpcBLASctl(v.0.23-42), htmltools(v.0.5.9), pkgconfig(v.2.0.3), sparseMatrixStats(v.1.22.0), dbplyr(v.2.5.1), fastmap(v.1.2.0), rlang(v.1.2.0), htmlwidgets(v.1.6.4), shiny(v.1.12.1), DelayedMatrixStats(v.1.32.0), farver(v.2.1.2), jquerylib(v.0.1.4), zoo(v.1.8-15), jsonlite(v.2.0.0), BiocParallel(v.1.44.0), magrittr(v.2.0.4), dotCall64(v.1.2), Rhdf5lib(v.1.32.0), viridis(v.0.6.5), reticulate(v.1.44.1), stringi(v.1.8.7), alabaster.schemas(v.1.10.0), MASS(v.7.3-65), AnnotationHub(v.4.0.0), plyr(v.1.8.9), parallel(v.4.5.2), listenv(v.0.10.0), ggrepel(v.0.9.6), deldir(v.2.0-4), Biostrings(v.2.78.0), graphlayouts(v.1.2.3), splines(v.4.5.2), tensor(v.1.5.1), hms(v.1.1.4), locfit(v.1.5-9.12), igraph(v.2.2.1), spatstat.geom(v.3.6-1), RcppHNSW(v.0.6.0), reshape2(v.1.4.5), BiocVersion(v.3.22.0), evaluate(v.1.0.5), RcppParallel(v.5.1.11-2), renv(v.1.1.5), BiocManager(v.1.30.27), tzdb(v.0.5.0), tweenr(v.2.0.3), httpuv(v.1.6.16), RANN(v.2.6.2), polyclip(v.1.10-7), scattermore(v.1.2), ggforce(v.0.5.0), xtable(v.1.8-4), RSpectra(v.0.16-2), later(v.1.4.4), viridisLite(v.0.4.2), memoise(v.2.0.1), AnnotationDbi(v.1.72.0), cluster(v.2.1.8.1), timechange(v.0.3.0) and globals(v.0.18.0)